自从纽约大战以后，托尼就换上了十分严重的焦虑症，正如队长所说，他觉得自己不过是一个躲在盔甲里二代普通人，比起雷神与队长他们几人自己真的太过于脆弱。而托尼选择的办法，就是躲在自己的实验室里整日研究盔甲，甚至于小辣椒的约会之夜都没有参与，甚至让贾维斯控制机甲来敷衍小辣椒，小辣椒自然对这种行为十分的不满，不过随后托尼爆发出了与小孩子一样的脆弱与无助让小辣椒无所事事，你要知道，当一个成熟帅气有担当的男人偶尔在一个人面前展现出小孩子的一面，相信每一个女人都无法拒绝。
小辣椒同样无法拒绝，同样无法拒绝的还有托尼一起洗澡的请求。当晚小辣椒与托尼同床共枕，托尼做噩梦爆发了比较严重的抗拒反应，小辣椒感受到了过去安慰，没想到却别赶来护主的机甲给威胁吓到了，小辣椒不喜欢这种惊魂未定的生活，于是离开了托尼的住所。这时候世界上多了一个恐怖分子曼达林，到处策划超高温爆炸案，托尼的手下哈皮也因此受到重伤。托尼对这种行为十分的愤怒，他当着媒体的面怒斥曼达林说他这种行为是懦夫，有种就当面来找自己对峙，说罢还公布了自家地址。
托尼在回家后调查了现在所有的爆炸事件，发现了第一起爆炸事件发生在田纳西州，于是设置好了目标地点决定自己飞过去，这时候多年前相识并一起快乐过的女植物学家突然找上门来说有重要的事情商量，不过不巧的是小辣椒也在现场。女人吃起醋来可比绿巨人发飙还可怕，毕竟绿巨人还有反绿巨人装甲，但是托尼可不敢研制反小辣椒装甲。
突然，两枚导弹袭来，轰炸了托尼的家，托尼在爆炸的冲击波下临时让自己的机甲去保护小辣椒，然后在自己差点被房梁压住之时，小辣椒及时赶到保护了托尼。托尼让小辣椒带着那个植物学家先走，自己随后就到。
显然这是一场曼达林策划的恐怖袭击活动，因为之前托尼自负的说了自己家的地址导致的。托尼脱离了危险，来到了之前设定好的田纳西州，不过这个时候机甲的电量过低自动关机了，托尼很是懊悔，拖着机甲找到了一个电话亭给小辣椒道了歉并说自己是自私愚蠢。他十分懊恼，但是当前的陷阱不得不面对，他需要一个办法可以帮助这套新的机甲充电，然后调查了时间去找那个曼达林报仇。
钢铁侠3对于漫威宇宙而言，算是特别重要的一部作品，他在地位上，是帮助漫威开启电影宇宙的钢铁侠1的最终续作，在角色上，也是钢铁侠托尼本人的重生，在钢铁侠1里被弹片随时威胁生命的躯体总算在钢铁侠的最后一部被完全治疗好，而分散在身体各个部位的弹片也被取了出来。
方舟反应堆作为钢铁侠三部曲加上一部复仇者联盟的托尼的核心，在许多周边产品都作为重点来设计，地位就像是奥特曼的亮灯，就算做成手办也必须要多家一个灯的存在，在钢铁侠三的结尾被彻底抛向了大海。托尼在经历了第一部的重生，第二部的死亡威胁，第三部焦虑症终于完全明白了超级英雄与钢铁侠这份责任对自己的意义，也终于将钢铁侠跟自己结合起来，不再是那个需要盔甲的羸弱人类，认识到了自己才是钢铁侠，自己的这份精神，这些聪明才智，扛起的这些责任，这才是钢铁侠，机甲不是，贾维斯也不是，他们是自己的一部分，就像是手臂与腿。
