这部电影以陈永仁殉职为分割点，在描述了刘建明“洗地”失败的过程中插入陈永仁的零星片段。
2002年5月，陈永仁殉职前6个月。阿强在按摩店惹了麻烦，叫过来陈永仁砸了店，打伤人。阿强因为陈永仁下手太重而絮絮叨叨，像《大话西游》里的唐僧，结果被“至尊宝”陈永仁在电梯里扁。
2002年6月14日，内地不法商人兄弟（其实是公安）沈澄沈亮来找韩琛谈生意。韩琛因为对沈澄和陈永仁的不信任，指使陈永仁殴打了沈亮。两人被正在调查沈澄的总督察杨锦荣抓捕。
此时，黄志成的女儿满月，刘建明的妻子怀孕。
逃过一劫的陈永仁在黄志成运作之后去看心理医生（李心儿），才不至于被律政司抓去坐牢。陈永仁接受心理医生治疗周期为6个月，陈永仁担心被医生催眠，一开始不配合，之后一来医生那儿就睡觉，并与医生互生情愫。
期间，傻强和陈永仁与沈澄谈定军火生意。之后陈永仁跟踪韩琛到图书馆，并发现他和杨锦荣会面（此时陈永仁不认识杨锦荣）。
交货那天，陈永仁被韩琛出卖，军火被掉包，陈永仁，杨锦荣，沈澄不打不相识，原来三人都是警察。交易失败后，沈澄回去内地，陈永仁回去复明。
2002年11月，陈永仁将藏在一家音像店的毒品取出，并卖给了刘建明一台胆机（此时两人也并不认识）。
之后便是第一部的情节了，韩琛犯罪集团被破获，陈永仁殉职。
2002年12月，陈永仁殉职后10天，杨锦荣和沈澄一起来祭拜陈永仁。
刘建明在接受调查期间在庶务部工作。
2003年10月，刘建明凭借一手“写报告”的能力骗过了所有人，成功使自己脱罪，并官复原职。
2003年的9月某天，保安科杨锦荣用毒品胁迫夜店老板栽赃两个军火贩子（毒品应该是陈永仁从音像店取出交给韩琛，再由韩琛给的杨锦荣）。
之后在保安科，陈俊警长在杨锦荣面前自杀，陈俊后来被证实是韩琛的人，杨锦荣则被“放了一个月假”。
10月，刘建明到了内务部，继续调查卧底，因为陈俊自杀，所以刘建明怀疑杨锦荣也是卧底。之后又在证物室发现杨锦荣和沈澄的合照。结合另一名被杀卧底大B（林国平）所说，共有5名卧底，而杨锦荣就应该是最后一位没露面的卧底了。只要干掉杨锦荣，自己的秘密就不会暴露。
11月，李心儿回到香港，到坟前看望陈永仁，悲伤得不能自已，找来刘建明倾诉。当天，刘建明偷走其电脑，想查看陈永仁的资料，并开始监视杨锦荣。
与此同时，沈澄再次来到香港，配合杨锦荣调查刘建明。
杨锦荣从保险柜中取出一盒录音带，外出投入信箱，刘建明取不出便烧毁了信箱，这一幕被沈澄看到。
过了几天，李心儿给刘建明打电话称收到陈永仁的寄的录音带。刘建明随后赶到，在载着李心儿去往警局的途中发生了车祸，并在医院产生了幻觉，刘建明渐渐地把自己当成了陈永仁。李心儿发现了刘建明的异常，催眠了他并发现了其秘密。刘建明打晕李心儿后，潜入杨锦荣办公室取走其保险柜里的录音带，计划以此抓捕杨锦荣。
警局内，众人当面对质，刘建明把自己当成了陈永仁，把杨锦荣当成了刘建明，拿着刘建明卧底的证据要抓捕杨锦荣。承受了大半年压力的刘建明崩溃了，干掉了杨锦荣，并自杀未遂，终生瘫痪。
杨锦荣其实也是韩琛的卧底，不过是“双面间谍”，他比刘建明要聪明，更比陈俊，林国平聪明，而且记性也好，他记得一起进入警校的刘建明，记得警校的陈永仁，所以他职位最高。他这一身份应该他的上司也知道，他们利用这一优势继续挖除了刘建明这一隐藏最深的卧底。
下一篇文章我会把《无间道》三部曲按时间顺序串一遍，温故而知新嘛 ^ 。^
