有网民撰文指开馆不久的重庆大学博物馆有大量文物为赝品。对此，10月15日9时许，重庆市文物局博物馆处表示，重庆大学博物馆是一个民间博物馆，未在该局报备审批。目前，重庆市文物局已就此事介入调查。重庆大学宣传部表示，学校正在开会讨论此事，稍后会有正式官方通报发布。
10月7日，重庆大学博物馆开馆典礼在虎溪校区举行。重庆大学官网10月9日发布的消息显示，10月7日，重庆大学博物馆举办了「大象有形——中国古典造型艺术展」，共展出佛造像、玉器、青铜器等400余件展品。
10月14日，某微信公号发布名为「重庆大学耗资670万建了一座赝品博物馆？」的文章，称去重大博物馆参观后，质疑部分馆藏文物是赝品。
文章介绍，馆内有仿制秦始皇陵铜车马的「改装版铜车马」；仿制后母戊鼎的「商代兽面纹牛鼎」；造型来自平朔秦汉墓或海昏侯墓，但高达一米多的「汉代雁鱼铜灯plus」；「电镀金镶人工合成绿松石以及不知名合成宝石的乌龟」；仿制南京博物馆元青花梅瓶的罐子；仿制国家博物馆鲜于庭墓骆驼载乐俑的陶俑；「一米多高」的康熙年制官窑瓷器；仿制四羊方尊的乾隆年制瓷器等藏品。
文章还指，博物馆内还禁止拍照，保安称：开馆典礼后，领导就吩咐了，里面一律不许拍照。
文章称，馆藏文物均由重庆大学教授、著名收藏家吴应骑捐赠。
而该校艺术学院官网师资队伍一栏介绍，吴应骑为重庆大学人文艺术学院原副院长，1982年毕业于中央美术学院美术史系。
华龙网2016年1月发布的文章显示，吴应骑退休以后，一直致力于文物的搜集和研究工作，并且建立了自己的工作室。「此次重庆大学建设博物馆，他将捐赠300余件收藏的宝贝和文物。」吴应骑向媒体表示，「这些文物都是经过相关专家鉴定的，非常珍贵的文物占到60%以上。我希望重庆大学的博物馆能建设成全国高校中一流的博物馆。」
重庆大学教育发展基金会官网消息，2月26日，在捐赠方吴应骑教授及校内相关单位领导的现场见证下，顺利完成了所有捐赠藏品的移交工作，移交藏品共计342件，其中青铜器22件，陶和瓷器161件，玉器159件。
公开资料显示，2018年12月11日，虎溪校区博物馆展厅经过10个月的建设，于2018年10月19日通过验收，交付博物馆进入布展阶段工作。上述消息称，虎溪校区博物馆展厅总投资605万元，建筑面积1494平方米，位于虎溪校区艺术楼，由连廊改造而成，包含展厅、会议室、办公室、精品储藏间等。
