高新技术企业可以是小规模纳税人，也可以是一般纳税人。高新企业的认定，跟是否是小规模纳税人或一般纳税人没有直接关系。
需要注意的是申请高新技术企业要求企业所得税为查账征收。查账征收也称“查账计征”或“自报查账”。纳税人在规定的纳税期限内根据自己的财务报表或经营情况,向税务机关申请其营业额和所得额,经税务机关审核后,先开缴款书，由纳税人限期向当地代理金库的银行缴纳税款。这种征收方式适用于账簿、凭证、财务核算制度比较健全,能够据以如实核算，反映生产经营成果,正确计算应纳税款的纳税人。
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