南京市高等学校在1952年经历了中华人民共和国中央人民政府教育部在全国高等学校统一部署进行的院系调整，从调整前的南京大学、金陵大学2所大学及华东水利专科学校、华东药学专科学校2所专科，转变为调整后的9所大学，即：南京大学、南京工学院（现东南大学）、南京农学院（现南京农业大学）、南京师范学院（现南京师范大学）、华东水利学院（现河海大学）、华东航空学院（现西北工业大学）、南京林学院（现南京林业大学）、南京药学院（现中国药科大学）、第五军医大学（并入第四军医大学）。1953年，中央人民政府高等教育部对各高校的系科专业进行了局部调整。此后数年间，南京高校又先后经历了西迁和“教育大跃进”，到20世纪60年代初，现在南京各高校的格局已基本形成。
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