医药企业常见的税务风险有以下几点：
1、违反税收法规肆意扩大研发费税前扣除范围
2、用餐费列支会议费，缺少实质凭据
3、以包装来核定试用推广药价格，导致视同销售计税价明显偏低
4、过期药损失作为正常损失直接在税前列支的问题
5、中医药企向农户采购药材涉嫌虚开发票
6、医药行业虚开的成因及“两票制”的影响
医药行业违反税法及虚开的原因，源于三个因素：一不规范经营中非法牟利，二存在商业贿赂的行业惯例，三医药行业的利润太高。
第一二点全靠医药企业内部的管理以及经营方式，通常由于利润高导致税负压力重，完全可以不走违法的道路，利用一些税收优惠政策就可以解决。目前有三种方式：
（1）利用注册个人独资企业申请核定征收，核定后个税在0.5%-2.19%之间，加上增值税和附加，综合税率在3%左右。可以开500万左右（一般为了避免税务稽查建议开450万左右），行业基本不限制。
（2）利用自然人代开解决一些成本票缺口，比如居间费、咨询费、市场推广费等等。在部分地区的税务代开可以以核定征收的形式缴纳个人所得税，个税核定后固定为0.5%，划入经营所得，加上增值税和附加税综合税率1.56%，完税即可出票，并附有完税证明，由地方税务局开出的票，真假可查验。
（3）利用一般纳税人享受奖励扶持政策。通过在地方成立有限公司，将部分无进项成本或者缺进项成本的业务转移到这个有限公司，利润留在这个公司，正常的缴纳税费。可以得到地方政府给予的税收奖励扶持，奖励企业所得税和增值税地方留存的50%-80%，增值税地方留存50%，企业所得税地方留存40%。
医药行业是个既“特殊”又“敏感”的行业，涉及的各种问题也是比较复杂的，但医药行业的涉税“优化”或变通的办法，仍然层出不穷。
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